Učestvovao sam i u pisanju istorije SKJ za period Drugog svetskog rata. Bila su formirana četiri tima za četiri hronološka perioda u istoriji SKJ. Prvi tim sačinjavali su istoričari koji su se bavili radničkim i socijalističkim pokretima u jugoslovenskim zemljama do kraja Prvog svetskog rata i stvaranja zajedničke države 1918. godine. Drugi tim je bio za period između dva svetska rata, pod naslovom “KPJ u borbi protiv buržoaskog poretka i pripremi za revoluciju1918-1941”. Treći tim za “KPJ u oslobodilačkom ratu i socijalističkoj revoluciji 1941-1945.” i četvrti tim za socijalistički period, pod naslovom “Savez komunista Jugoslavije u razvoju samoupravnog socijalističkog društva 1945-1978.” U našem timu za period NOR-a i revolucije bilo je oko 13 istoričara iz svih republika i pokrajina, koji su predstavljali svoje sredine, sem istoričara iz Instituta za savremenu istoriju. Taj rad se otegao nekoliko godina, jer je istorija objavljena tek 1985. godine. Najpre smo taj kratki period istorije KPJ podelili i hronološki i prostorno na sve članove tima, pa smo Zdravko Antonić i ja uzeli da obradimo period od savetovanja u Stolicama do kraja 1941. godine, prethodni period od aprilskog rata Fabijan Trgo, 1942. godinu Pero Morača itd. I na kraju da to sve objedini Trgo za 1941. godinu, a sve ostalo Morača, tako da su učesnici NOB-e i ovog puta vodili glavnu reč. U toku pisanja istorije Partije sastajali smo se svaki put u drugoj republici. Posle pobune Albanaca na Kosovu 1981.
sastali smo se na Brionima i na taj sastanak došao je Ali Hadri, koji je obrađivao temu: “Odnosi između KPJ i KP Albanije”. Znali smo da je on jedan od ideologa albanskog nacionalizma, pa smo Antonić i ja tražili od predsednika Komisije Boška Šiljegovića da ga udalji iz tima. Međutim, Boško nam je kratko odgovorio da treba čuvati kadrove. Na naše pitanje upućeno Hadriju kako će se dalje razvijati situacija na Kosovu, on je odgovorio da će se posle intervencije vojske i policije situacija smiriti ali da ostaju problemi. U toku daljeg rada sukobio sam se sa Trgom, zbog umanjivanja doprinosa Srba pobedi nad fašizmom, pa sam od sledeć eg predsednika Komisije Stanislava Stojanovića tražio da Trgo ne bude onaj koji će objedinjavati naše tekstove za 1941. godinu. Kako to nije smeo da učini, odbio sam zajedno sa Antonićem da dalje dorađujemo naš tekst, a da se na kraju potpiše Trgo. Prilikom rada na istoriji SKJ svaki od istoričara iz osam delova Jugoslavije hteo je da što više preko te istorije afirmiše svoju sredinu, pa je to na neki način bila dogovorna istorija.
U delu knjige “Kult Josipa Broza” pomenut je projekat “Titovo vojno delo”, koji je vodio Centar za strategijska istraživanja JNA. Propuš teno je da se kaže da je to bio samo deo velikog i pretencioznog projekta “Titov doprinos savremenom marksizmu i socijalizmu”, koji je zamiš ljen od strane političara 1977. godine u vreme njegovih jubileja: 40 godina na čelu Partije i 85 godina života. Koordinator celog projekta bio je Institut za savremenu istoriju. Kad sam se zaposlio u tom Institutu 1983. godine odredili su me da budem koordinator tog projekta. Do tada je bio samo urađen glomazni projekat od 200 strana, koji je predviđ ao više potprojekata, koji su bili podeljeni na sve republike i pokrajine i JNA. Tako su Slovenci uzeli da rade “Tito i samoupravljanje”, Hrvati “Tito i revolucija”, Bosanci “Tito i Partija”, Makedonci “Tito i nacionalno pitanje”, Albanci “Tito i nacionalne manjine”, Vojvođani “Tito i poljoprivreda” i “Tito i obrazovanje”, dok smo mi u Institutu trebali da obradimo Titovu spoljnopolitičku strategiju. Ništa nije bilo urađeno kada sam preuzeo da koordiniram taj projekat. Uspeo sam da formiram samoupravna tela: Savet i redakciju projekta i da započnemo sa radom. Pošto je projekat bio dosta razuđen, predlagao sam tadašnjem kolektivnom rukovodstvu SKJ da mi kritički obradimo Titovu biografiju, jer se već osećalo da će ga napasti zbog privatnog života, a da odustanemo od tog glomaznog projekta. Nevolja je bila što je isticalo vreme za izvršavanje projekta, a zajednice za nauku po republikama i pokrajinama nisu bile spremne da daju pare za tako nešto, a ni Titovi naslednici u CK SKJ nisu dali ni dinara. Jedino smo dobijali nešto sredstava od SIV-a zahvaljujući više ličnim poznanstvima, a i to je kratko trajalo. Ipak su bile urađene neke teme: Bosanci su obradili “Tito i KPJ”, Vojvođani dve pomenute male teme i Crnogorci “Tito i sukob sa IB”. Centar za strategijska istraživanja je ozbiljnije pristupio ovom poslu i obradio je dve teme iz projekta “Titovo vojno delo”. Kosovski akademici umesto da proučavaju Titov odnos prema nacionalnim manjinama u Jugoslaviji, putovali su u Kinu i Španiju da u tim zemljama proučavaju odnos prema nacionalnim manjinama, zbog čega sam ih kritikovao da su nepotrebno trošili sredstva. Kad sam uvideo da ni Titovi naslednici nisu zainteresovani za taj projekat, dao sam ostavku i na kraju objavljen je jedan moj intervju o projektu u Dugi pod naslovom: “Ide Tito preko istorije”.
Iz svega onoga što sam tada rekao izdvajam samo jednu misao: “Bez kritičke ocene Titovog dela mi ne možemo iskoračiti napred, ni u istoriji ni u rešavanju savremenih problema. Ukoliko to pre učinimo, biće bolje za ovu zemlju.” (Duga, 30.09.1989.) U Nikolićevom radu pored nekorektnog citiranja, od čega nije bio pošteđen ni Branko Petranović, bilo je i činjeničkih netačnosti. Tako na primer za Tomislava Marčinka se navodi da je bio šef vojvođanskih komunista, što on nikada nije bio; za Milorada Vučelića piše da je bio ideolog, a on je tada bio samo novinar, možda je prenosio neke partijske stavove ili mišljenja istoričara, ali nije bio nikakav ideolog. Neke od istoričara je štedeo i nije pominjao u negativnom smislu, kao svoga “šefa” Milana Vesovića, kome je posvetio knjigu, da je učestvovao na skupu i diskutovao povodom Dedijerove knjige o Titu. Pišući o inicijativi SUBNOR Srbije da se napiše istorija revolucije u Srbiji pod naslovom Srbija u jugoslovenskoj revoluciji, na šta se pobunio Pokrajinski odbor SUBNOR Vojvodine da se Srbija prikaže kao jedinstvena celina, Nikolić je zaključio da “od knjige ipak nije bilo ništa, kao ni od drugačijeg pristupa u srpskoj istoriografiji o Drugom svetskom ratu. Dogmatski pristup je i dalje bio na snazi, uprkos rastakanju nekadašnjih ideala, koji su sve više pokazivali svoje naličje” (str 215). Ova tvrdnja Nikolića nije tačna. Uprkos protesta Pokrajinskog odbora SUBNOR Vojvodine, sredstva za izradu ove monografije obezbedio je SUBNOR Srbije i preko “Narodne knjige” preneo ih Branku Petranoviću, koji je napisao tu knjigu pod naslovom Srbija u Drugom svetskom ratu, a koju je objavio Vojnoizdavački centar 1992. godine. Na promociji knjige, pošto sam bio skeptik prema dostignućima u istoriografiji o ratu i revoluciji, rekao sam: “Oljuštiće vreme sve što su nadogradili dvorski istoričari”. Bilandž ić mi je rekao da treba da pocepamo sve što smo napisali, sa čime se nisam složio, na što mi je Branko uzvratio da se upuštam “u razmatranja koja naliče na mazohizam o vrednosti dosadašnje istoriografije i problemu revizije istorije”.
Još je britanski istoričar Trevelijan pisao:“Na obali gde je prošlost izbacila svoje ostatke mi sakupljamo čepove i polomljene daske, iz njih se može mnogo izvući i nagađati, ali ono što je bio veliki brod koji je otišao na dno, nećemo nikad videti. Nećemo i ne možemo, dakle, videti svu složenost, čitavo bogatstvo i raznovrsnost prošlosti, zato što se ona šematskim interpretacijama, formulama i generalizacijama ne malo zamagljuje i prikriva”. U svojoj knjizi Prošlost bez istorije Nikolić je od čepova i polomljenih dasaka polemika, koje su vodili jugoslovenski istoričari i novinari tokom osamdesetih godina prošlog veka, pokušao da izvuče nekakve generalne zaključke, ne shvatajući njenu složenost, bogatstvo i raznovrsnost, pa se iz ove njegove zbirke citata sa komentarima ne može sagledati pravo lice istoriografije. Očigledno je da to treba uraditi na osnovu drugih izvora i literature, a ne samo na osnovu polemika.
Bez obzira na sve primedbe koje se mogu staviti ovoj knjizi, pozitivno je što je u njoj pokrenuto pitanje jugoslovenske istoriografije u periodu socijalizma.